在尋找普遍的真理時，每一件事都需要追問。
亞里斯多德認為古代哲學家關於相關的論點並沒有探究到原因。他所追求的第一原因必須由普遍真理的科學上追尋。他由可感的事物開始追問，進而研究與質料分離的事物。
他也提出這樣的疑問：
原因的一切類別是由一門科學去研究呢，或是由許多門去研究？
如果是從自然科學去追問，那麼他必定是在其可行的範圍（條件）去辯證。但為了證明追問的結論，免不了又要從其他學問同時進行論證。因為追問始其實體去驗證，則必定涉及到其來自的許多實體。自然哲學類的科學與數學類的科學是不相同的。也就是說數學的方法未必是獨一的方法。
有沒有與可感之物分離的其他實體呢?
亞里斯多德提出這個問題是形而上學之關鍵問題。能否進行形而上學的思考，首要是思索究竟有無與可感之物分離的實體，並且應先假設其為第一實體。實體包括可毀之物與不可毀之物。可毀可析之物不是第一實體，第一實體是不可毀不可析的。而可毀可析之物必然是可感之物。
類是否為事物之原理呢?
對於自然哲學家來說元素是構成事物之第一原理。對於數學哲學家來說1是萬物之原理。但1的質料因是什麼? 1 豈不是形式因的" 類 " 嗎? 概念化的第一原因，是真實體嗎? 柏拉圖學派主張此唯一的實體與可感之物分別存在 - 理式世界與可感世界之並存。畢達哥拉斯學派認為它們存在於可感之物之內。
有沒有普遍之物存在於感官所知覺的個別之物以外及由質料及形式組合之物以外呢?是否萬物共有一個實體呢? 是否萬物具有相同的原理，或具有不同的原理?
聖多瑪斯註解363、364 ，1 和" 存有 " 是否為事物之實體? 或是指外加於事物之實體的東西? 這是 " 天外之物 " 的指涉，於問題的思索又另開疑難。萬物之第一原理，第一動力究竟為何? 若以一人之有限能力必然無從由每一件事物追問每一原因，但可憑藉可信的思想成就作為進階追問的基礎。
在閱讀亞里斯多德形而上學註卷三-形而上學的問題，思索之後決定暫時放下不再深思，以現在自身知道的事物原理出發，想到以聖多瑪斯當時之科學知識狀態，仍然深陷在這些問題的泥淖中。東方佛學之唯識學或可提供可行的方法。但若想從自然科學到自然哲學的理論方法入手，觸及形而上學的範疇仍然是困難的。
